依鱼类分类学研究网站deepfin.org的分类法[2][3]，本目属于真棘鳍类鲈形亚类虾虎鱼系。
过去，本目鱼类被归类于鲈形目之中，其中钩头鱼科被放在钩头鱼亚目，而天竺鲷科被放在鲈亚目鲈总科，但分子遗传学的研究显示钩头鱼科与天竺鲷科可组成单系群，而虾虎鱼类又是它们的姐妹群，且传统的鲈形目是个过于庞大的并系群，因此将本目独立出来与虾虎鱼目组成虾虎鱼系。
2016年出版的《世界鱼类》第五版亦承认了本目。[1]
内部分类
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依2017年《硬骨鱼系统分类》（Deepfin第4版），本目包含2科，可归类于2个亚目[2][3]：
钩头鱼亚目 Kurtoidei
钩头鱼科 Kurtidae
天竺鲷亚目 Apogonoidei
天竺鲷科 Apogonidae
虾虎鱼系各科关系如下：
虾虎鱼系
钩头鱼目
钩头鱼亚目
鉤頭魚科 Kurtidae
Kurtoidei
天竺鲷亚目
天竺鯛科 Apogonidae
Apogonoidei
Kurtiformes
虾虎鱼目
丝鳍𬶮亚目
丝鳍𬶮科 Trichonotidae
Trichonotoidei
鰕虎亞目
溪鱧科 Rhyacichthyidae
沙塘鱧科 Odontobutidae
澳洲大口塘鳢科 Milyeringidae
塘鱧科 Eleotridae
嵴塘鳢科 Butidae
海塘鳢科 Thalasseleotrididae
背眼虾虎鱼科 Oxudercidae
虾虎鱼科 Gobiidae
Gobioidei
Gobiiformes
Gobiaria